口袋妖怪火红中的遗迹主要分布在七岛地区，其核心功能是解锁隐藏剧情、获取特殊道具以及捕捉稀有宝可梦。以阿斯卡纳遗迹为例，该遗迹位于七岛第六岛屿，玩家需使用劲力技能推动洞内石块填补地面凹槽，解开机关后可在深处遇见未知图腾。此类遗迹通常与主线剧情中的宝石任务相关联，例如在第五岛仓库输入从遗迹获得的密码才能开启火箭队基地。
遗迹探索往往需要特定技能辅助，如冲浪、攀瀑或闪光术。七岛遗迹群中的某些结构需通过推石机关改变水流方向，例如双子岛遗迹需用石块堵住瀑布缺口才能遇见急冻鸟。部分遗迹存在多层迷宫设计，如华蓝洞窟需穿越岩山隧道后使用冲浪抵达，其底层藏有超梦。遗迹内地形与外部环境存在逻辑关联，例如灯火山遗迹顶部对应火焰鸟栖息地。
游戏后期遗迹承担着图鉴升级的关键作用。通关后若集齐60种宝可梦，博士会指引玩家前往一岛火焰山遗迹获取红宝石，该道具用于修复通信机器实现跨版本交换。六岛遗迹夺取蓝宝石的剧情中，玩家将遭遇火箭队残党并获取第二段密码，这两块宝石共同解锁七岛全域通行权限。遗迹内隐藏的未知图腾共28种形态，包含26个字母及问号、叹号变体，其捕捉数据计入全国图鉴收集进度。
训练师之塔作为七岛第七岛屿的挑战型遗迹，采用连续对战模式且禁止使用道具，战胜所有训练师后可提升战斗塔排名。遗迹中的野生宝可梦等级普遍高于常规区域，如华蓝洞窟的超梦等级达70级，需提前准备催眠或麻痹类技能提高捕获概率。某些遗迹房间设有单向传送装置，需反复调整站位才能抵达核心区域。
从游戏设计角度看，遗迹场景的谜题复杂度显著高于普通洞穴。月见山遗迹的化石二选一机制影响后期宝可梦培育路线，而未知图腾遗迹的字母解谜则需观察墙壁符号排列规律。开发者通过遗迹将剧情碎片串联，例如火箭队仓库密码必须结合多个岛屿遗迹线索才能完整破译，这种设计增强了探索过程的逻辑性。
